對於強迫症患者來說，藥物治療是比較有效的一種方法。但當然，接受任何藥物治療之前，也必先由精神科醫生作出診斷，確定症狀是由強迫症而不是由於其他原因所造成。
治療強迫症的第一線藥物跟治療抑鬱症和焦慮症的一樣，都是以血清素（SSRI）為主。祇不過，強迫症在腦部的病灶跟抑鬱症和焦慮症的不同。一般而言，血清素需要更高的劑量和更長的時間才會在強迫症患者身上見效。
舉一個例子，Fluoxetine在抑鬱症患者身上最高服食劑量為60毫克，一般只需一至兩個禮拜便開始見效。但就強迫症患者而言，可能需要80毫克的劑量才會見效，而療程長度則需要至少8個星期。
除了血清素之外，某些醫生也會考慮為難治型強迫症患者處方抗思覺失調藥物（Antipsychotics）。有時強迫症的患者也會出現抑鬱和焦慮的症狀。故此，鎮靜劑和安眠藥有時也是血清素之外的選擇。
腦磁激TMS是個較為新穎的治療方法。TMS較常應用在抑鬱症患者身上，但對於難治性強迫症也有功效。祇不過，抑鬱症和強迫症需要被TMS刺激的位置有所不同，在接受治療之前，必須跟醫生和治療師詳細討論，看看TMS治療機器的型號是否能夠兼容強迫症的治療。
根據臨床經驗，患者即使定時服用藥物，強迫症症狀也未必能夠像抑鬱症和焦慮症般立竿見影的好轉。對於強迫症患者而言，適當的心理治療也相當重要。下一章我們會更詳細的介紹強迫症的心理治療。
