rTMS作為治療抑鬱症甚至是難治性抑鬱症的其中一種方法，對於病人來說，當然是個好消息，至少多了一種治療方式可以選擇。
有些病人不願意吃藥，本來就祇有心理治療，但現在卻多了一個選擇，可以以神經調節的方式來治療抑鬱症。在進行rTMS治療的同時，病人還可以選擇吃藥或者不吃藥。對比起其他難治性抑鬱症的療法，例如腦電蕩ECT來說，rTMS不用全身麻醉，病人所承受的風險和副作用也比較低。
rTMS的副作用和限制
不過，腦磁激rTMS也有它的壞處和副作用。rTMS透過磁場轉換，在大腦之中誘導電流，不過電流也有漏網之魚，有時候電流會刺激到頭皮附近的三叉神經，讓患者感到頭痛。
rTMS儀器頻密的磁場轉換會發出聲響，持續的啪啪啪有時會讓人難受。有些患者在進行rTMS之後可能會出現耳鳴，故此，在患者接受rTMS之前，醫護人員一般會為患者佩戴耳塞。
電流刺激大腦，也有可能會造成癲癇。不過rTMS導致癲癇的機率不是太高，祇有大概1000份之一。事實上，根據研究，一般抗抑鬱藥造成癲癇的機率也是跟rTMS在伯仲之間。
rTMS最大其中的一個限制是金錢和時間。rTMS價值不菲，整個療程動動輒要幾萬到10萬港元。同時，rTMS需要患者星期一至5每天都到門診接受療程，這對上班族而言未必太過適合。
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